Citološka punkcija čvorova čini se kao strahovito teška pretraga, no pod kontrolom UZV-a i sa sigurnom liječničkom rukom, gotovo je bezbolna.
Obavlja se tako da pacijent leži s izloženim vratom u koji će liječnik, pod kontrolom UZV-a, uvesti iglu kako bi izravno iz čvora, tj. tvorevine u štitnjači, uzeo dio koji se potom šalje na patološku analizu. Za sam citološke punkcije štitnjače zahvat nije potrebna nikakva anestezija, a ubod igle više je neugodan nego bolan i pacijenti ga često uspoređuju s vađenjem krvi.
U pravilu se punktiraju svi čvorovi veći od 1 cm. Manji čvorovi punktiraju se prema procjeni liječnika.